¿Sabes cómo el empleo de la tecnología de secuenciación GENX PRO supone una importante mejora en el análisis del microbioma? ¿Quieres saber cómo lo consigue y en qué puede ayudarte a mejorar la calidad de los servicios que ofreces? Sigue leyendo y te explicamos todo acerca de esta tecnología de secuenciación.
¿Cómo mejora el análisis del microbioma la tecnología de secuenciación GENX PRO?
El estudio del microbioma permite conocer la composición y la diversidad de las comunidades microbianas presentes en diferentes muestras biológicas. Sin embargo, para obtener resultados fiables, resulta fundamental contar con sistemas adecuados que nos ayuden en la preparación de las bibliotecas que posteriormente serán secuenciadas. En este contexto, GenX Pro es la tecnología que ofrece una solución específica para un análisis del microbioma basado en la preparación de librerías de amplicones del gen 16S rRNA.
¿Qué es GenX Pro y para qué sirve en el análisis del microbioma?
GenX Pro es un kit de preparación de librerías para microbioma que ha sido diseñado para generar bibliotecas de amplicones multiplexadas (fragmentos de ADN amplificados) que se centran de forma específica en las regiones hipervariables V3 y V4 del gen del ARN ribosómico 16S (16S rRNA) presente en las bacterias.
Su objetivo es facilitar la preparación de las muestras antes de la secuenciación, permitiendo analizar la composición de las comunidades bacterianas presentes en ellas.
¿Qué región del ADN microbiano analiza GenX Pro?
La tecnología GenX Pro está diseñada para amplificar las regiones hipervariables V3-V4 del gen 16S rRNA, una región ampliamente utilizada para la identificación y caracterización de bacterias. El análisis de estas secuencias permite estudiar la diversidad microbiana presente en una muestra y comparar diferentes comunidades bacterianas, lo que ofrece un mayor volumen de información.
¿Con qué sistemas de secuenciación es compatible GenX Pro?
Las bibliotecas preparadas con GenX Pro son compatibles con la secuenciación de doble índice por pares (paired-end) en plataformas Illumina MiSeq. Esta compatibilidad facilita su integración en flujos de trabajo de secuenciación utilizados habitualmente en laboratorios de microbiología y estudios de microbioma.
¿Qué aplicaciones tiene GenX Pro en investigación del microbioma?
El análisis del microbioma puede aplicarse a numerosos proyectos de investigación, como el estudio de comunidades bacterianas, la comparación de microbiotas entre diferentes muestras o el análisis de cambios en la composición microbiana asociados a determinadas condiciones biológicas. En todos los casos, GenX Pro facilita la identificación y cuantificación de las diferentes comunidades bacterianas que componen una muestra de microbioma (intestinal, cutáneo, ambiental, etc.), determinando qué microorganismos están presentes y en qué proporciones exactas se encuentran
¿Qué ventajas aporta GenX Pro a los laboratorios?
Los kits y servicios de GenXPro GmbH aportan ventajas competitivas muy claras a los laboratorios de biología molecular y diagnóstico, centradas en la optimización de tiempos, el ahorro de costes y la calidad de los datos analíticos. Uno de los más destacados es la preparación de librerías multiplexadas permite procesar diferentes muestras dentro de un mismo flujo de trabajo de secuenciación. Esto facilita la organización de los estudios de microbioma y permite aprovechar las capacidades de las plataformas de secuenciación compatibles. A ello hay que sumarle las siguientes ventajas:
- Una alta sensibilidad con una mínima cantidad de muestra. El kit permite procesar muestras críticas de microbioma (heces, suelo, piel, frotis bucales) utilizando tan solo 0.1 ng de ADN bacteriano.
- Tiene un flujo de trabajo ultrarrápido y simplificado. Este kit requiere únicamente 1 hora de trabajo manual (hands-on time) y un tiempo total de preparación de librerías de apenas 3 horas. A diferencia de otros protocolos convencionales, consta de solo dos pasos de PCR y no necesita purificación tras la primera PCR. Esto reduce el riesgo de contaminación cruzada y disminuye el uso de reactivos extra.
- Escalabilidad económica. Ofrece hasta 384 códigos de barras (barcodes) diferentes, lo que permite a los laboratorios combinar cientos de muestras distintas en un solo cartucho de secuenciación (como en sistemas Illumina MiSeq o NextSeq), abaratando drásticamente el coste por muestra analizada.
- Soporte integral y bioinformática opcional. Además de proveer los reactivos físicos, GenXPro incluye la opción de análisis bioinformático integrado.
- Tecnología propia contra sesgos de PCR (TrueQuant).
¿Qué soluciones ofrece Durviz para el estudio del microbioma?
Durviz cuenta con diferentes soluciones relacionadas con el estudio del microbioma, incluyendo GenX Pro. En este sentido, además de la tecnología reseñada en este artículo, vamos a poder acceder también a sistemas para la recogida y preservación de muestras, como los kits REAL Saliva DNA/Microbiome Sample Collection Kit y REAL Stool Sample Collection Microbiome Kit.
Con todo ello, en Durviz afirmamos que es posible abordar diferentes etapas del proceso, desde la recogida de la muestra hasta su preparación para el análisis molecular.
Y es que, en conjunto, GenX Pro facilita la preparación de librerías para estudios de microbioma basados en el gen 16S rRNA, ofreciendo una solución compatible con Illumina MiSeq y adecuada para laboratorios que necesitan caracterizar comunidades microbianas mediante técnicas de secuenciación.