Descripción
BIOSPYDER.-TempO-Seq: estudios de expresión génica mediante captura de ARN sin extracción
Los ensayos TempO-Seq combinan un protocolo eficiente mediante captura por sonda de DNA con una calidad de datos excepcional y una alta reproducibilidad, incluso cuando el tamaño de muestra es mínimo. Con 10pg de ARN (la cantidad contenida en una sola célula), la especificidad de base única es del 99,8%, lo que garantiza recuentos fiables de genes incluso en paneles altamente multiplexados, permitiendo la detección de variantes codificantes. El ensayo sigue siendo robusto incluso con muestras degradadas (como las FFPE), puesto que no se observa ninguna pérdida de sensibilidad.
A diferencia de la RNA-Seq, no es necesario hacer una extracción previa de ARN (aunque admite muestras de ARN purificadas), y tampoco se lleva a cabo el paso de la retrotranscripción, por lo que se mantiene la estequiometria entre cDNA y los transcritos (detección quantitativa). Además, permite la detección de genes con una baja expresividad.
Al no requerir extracción previa, ahorra costes y tiempo al realizar el análisis de expresión inmediatamente a partir de lisados celulares. El ensayo presenta una sensibilidad hasta el nivel de una sola célula y permite procesar muestras FFPE y congeladas con resultados equivalentes.
El ensayo no requiere de ningún equipo específico, únicamente un termociclador convencional para la preparación de las librerías y una secuenciación final. Debido a que las lecturas se centran en contar regiones específicas en lugar de genes completos, el rendimiento del secuenciador se maximiza. Para la misma o mejor calidad de datos, se pueden analizar aproximadamente 10 veces más muestras de transcriptomas completos que con RNA-Seq.
TempO-Seq es una herramienta altamente flexible, ya que dispone de paneles preconfigurados, los cuales incluyen transcriptoma completo y paneles diseñados para aplicaciones concretas (por ejemplo, toxicología predictiva u oncología). Biospyder Technologies también ofrece paneles personalizados.
Características:
- Input de hasta 10pg con especificidad de una sola base
- Sin extracción de ARN, conversión de cDNA ni preamplificación
- Permite detectar genes con una baja expresividad
- No se pierde la estequiometría entre los transcritos y el cDNA, por lo que aporta resultados quantitativos
- No requiere instrumentación propia, únicamente un termociclador estándar para la preparación de la librería
- Maximización de la capacidad de secuenciación: hasta 6.144 muestras en una ejecución
- Paneles de transcriptoma completo o paneles totalmente personalizables que evalúan cualquier número de isoformas, fusiones génicas, mutaciones o SNP en cualquier especie
- Resultados altamente reproducibles
- Para muestras de humano, ratón, rata y pez zebra
- Software de análisis sencillo
Flujo de trabajo:
BioSpyder Technologies ofrece un sencillo software que facilita el análisis de los datos y no requiere conocimientos avanzados en bioinformática.
Además, contamos con un Service Provider en España autorizado por BioSpyder Tecnologies para llevar a cabo los estudios y análisis de resultados:
